Theo truyền thống, họ Colubridae đã được định nghĩa không như là một nhóm tự nhiên, do nhiều chi/loài trên thực tế có quan hệ họ hàng gần với các nhóm rắn khác, chẳng hạn với họ rắn hổ, hơn là với nhau trong nội bộ họ này[1]. Như thế, dường như nó là một đơn vị phân loại thùng rác chứa các loài rắn không phù hợp để xếp vào chỗ nào khác[2].

Họ Rắn nước như định nghĩa này bao gồm trên 1.800 loài[3]. Sự phân chia họ Colubridae thành 12 phân họ lần đầu tiên được đề cập tới trong nghiên cứu của Zaher (1999)[4] bao gồm:

• Phân họ Boodontinae
• Phân họ Calamariinae
• Phân họ Colubrinae
• Phân họ Dipsadinae
• Phân họ Homalopsinae
• Phân họ Natricinae
• Phân họ Pareatinae
• Phân họ Psammophiinae
• Phân họ Pseudoxenodontinae
• Phân họ Pseudoxyrhophiinae
• Phân họ Xenodermatinae
• Phân họ Xenodontinae

Một số nghiên cứu phát sinh chủng loài gần đây như Lawson et al., 2005[5]; Vidal et al., 2007[6]; Wiens et al., 2008[7]; Zaher et al., 2009[8]; Pyron et al., 2010[9] đã tách họ Colubridae đa ngành này thành các họ sau:

• Colubridae nghĩa mới: Khoảng 1.596-1.600 loài (có thể gộp hoặc tách riêng họ Dipsadidae/Xenodontidae, nếu tách thì họ Dipsadidae này chứa khoảng 752 loài). Họ này có thể chia ra thành các phân họ như sau[10][11]:
  • Ahaetuliinae
  • Calamariinae
  • Pseudoxenodontinae
  • Sibynophiinae = Scaphiodontophiinae
  • Grayiinae
  • Colubrinae
  • Natricinae
  • Dipsadinae
• Homalopsidae: Khoảng 53 loài.
• Lamprophiidae: Khoảng 309 loài.
• Pareatidae: Khoảng 18 loài.
• Xenodermidae: Khoảng 18 loài.